根据《市府办印发落实“三规合一”推进建设项目审批流程改革实施意见的通知》(厦府办[2014]153号)，水土保持方案审批流程有以下几个方面变化：

　　★第三.（一）1.（5）条 竣工验收及备案阶段：牵头单位市建设局或市交通运输局，涉及市政、园林、规划、民防、环保、消防、气象、水保、通信管理、质量监督、城建档案等11项验收，验收形式为分项验收或依申请联合验收。此条主要是在项目竣工验收阶段中增加水利部门组织的“水土保持设施验收”专项验收事项，提高水保工程的验收率，确保水保措施得到落实。

　　★第三.（二）1.（3）条 水土保持方案、防洪影响、环评、节能、海域使用、地震安全评价、社会稳定性风险评价等可研批复（或立项）的前置审批条件，改为初审意见告知函，正式审批在施工许可前完成，以施工许可核发作为项目开工前最终把关环节。此条款为新流程中主要改革点，条款明确：改革后水保方案审批不再作为可研（或立项）前置条件，而是修改为水利部门对工可方案中水保方面内容进行初审，在7个工作日内通过建设项目审批管理系统向发改部门提交“初审意见告知函”。申报单位可同步或延后向水利部门申报水保方案审批，只需在施工许可证核发前办结即可。

　　★第三.（二）4.（1）条 可研批复及工程规划许可阶段：一是由市发改委牵头组织方案设计（代可研）联合评审，规划、国土、建设、交通、市政园林、环保、经信、水利、海洋等部门及所在区政府共同参加，对项目方案设计、规模、标准、环保、节能、水保、防洪等方面进行评审。此条涉及方案设计阶段联合评审。新流程通过联合评审方式形成各专业审查综合意见，我局据此出具水保方案初审意见告知函供发改部门批复工可参考，并同步推进水保方案审批工作。